Bonifacio fue hijo de Juan, un médico de la provincia y ciudad de Valeria; sucedió a Bonifacio III tras un paréntesis de unos nueve meses; consagrado el 25 de Agosto de 608; murió el 8 de Mayo de 615; (otras fuentes indican que fue consagrado el 15 de Septiembre de 608 y murió el 25 de Mayo de 615).En tiempos del Papa San Gregorio Magno fue diácono de la Iglesia romana y tuvo el cargo de dispensator, esto es, el primer funcionario en lo relativo a la administración de los patrimonios. Bonifacio obtuvo el permiso del emperador Focas para convertir el Panteón en una iglesia cristiana, y el 13 de Mayo de 609 el templo erigido por Agripa a Júpiter Vengador, a Venus, y a Marte fue consagrado por el Papa a la Virgen María y a todos los mártires. (De ahí el título de Santa María Rotunda).
Fue el primer ejemplo en Roma de transformación de un templo pagano en lugar cristiano de culto. Se dice que veintiocho carretas de huesos sagrados fueron sacadas de las Catacumbas y colocadas en un recipiente de pórfido bajo el altar mayor.
Durante el pontificado de Bonifacio, Melitón, el primer obispo de Londres, fue a Roma "a consultar al Papa sobre cuestiones importantes relativas a la recientemente establecida Iglesia de Inglaterra". Mientras estaba en Roma asistió a un concilio que se estaba celebrando entonces referente a ciertas cuestiones de "la vida y paz monástica de los monjes", y, a su partida, se llevó consigo los decretos del concilio junto con cartas del Papa a Lorenzo, arzobispo de Canterbury, y a todo el clero, al rey Etelberto todo el pueblo inglés "referentes a lo que tenía que observarse por la Iglesia de Inglaterra". Los decretos del concilio hoy existentes son espurios.
Entre 612 y 615, San Columbano, que entonces vivía en Bobbio, Italia, fue persuadido por Agilulfo, rey de los Lombardos, para que dirigiera a Bonifacio IV una carta sobre la condena de los "Tres Capítulos" que es notable a la vez por sus expresiones de exagerada deferencia y su tono de aspereza excesiva.
En ella dice al Papa que está acusado de herejía (por aceptar el Quinto Concilio, esto es, el de Constantinopla, 553), y le exhorta a convocar un concilio y demostrar su ortodoxia. Pero la carta del impetuoso celta, que no captó la importancia del problema teológico implicado en los "Tres Capítulos", parece no haber perturbado lo más mínimo su relación con la Santa Sede, y sería erróneo suponer que Columbano se consideraba a sí mismo como independiente de la autoridad papal. Durante el pontificado de Bonifacio hubo mucha aflicción en Roma debido al hambre, la peste, y las inundaciones.
El pontífice murió en retiro monástico (había convertido su propia casa en un monasterio) y fue enterrado en el pórtico de San Pedro. Sus restos fueron trasladados tres veces-en el Siglo X u XI, a fines del Siglo XII bajo Bonifacio VIII, y al nuevo San Pedro el 21 de Octubre de 1603.
