La Sé de Lisboa fue erguida justo después de la reconquista de Lisboa a los Moros, en 1147, por el primer Rey de Portugal, Don Alfonso Henriques. Se cree que en este lugar existía una mezquita que, a su vez, ocupó el lugar de la antigua catedral visigótica, como lo atestiguan las piedras labradas de características godas en la base de la fachada. Consagrada el 25 de octubre de ese mismo año, fue dedicada a Nuestra Señora de la Asunción.
Reliquias de San Vicente Mártir
Pocos años después, en 1173, el Rey Don Alfonso Henrique mandó traer del Algarve, concretamente de Sagres, las reliquias de San Vicente, diácono de Zaragoza, martirizado en 304 en Valencia. Fueron depositadas en la Catedral, en donde se veneran hasta hoy.
Las obras de construcción se prolongaron a lo largo del siglo XII, presentando características románicas y góticas, complementadas con intervenciones hechas a lo largo de los siglos, principalmente tras el devastador terremoto de 1755.
En el siglo XVIII la Catedral de Lisboa fue elevada a Sede Patriarcal, cuando en 1716 el Papa crea el Patriarcado de Lisboa, en atención al esfuerzo misionero de la Diócesis de Lisboa en la propagación de la Fe. De esta riquísima herencia se guardan numerosas preciosidades en el Camarín de los Patriarcas y en el Tesoro de la Catedral, entre las que destaca la magnífica custodia de oro de Brasil.
Pila bautismal
Templo muy unido a los primeros años de vida de San Antonio, justo al lado de la entrada, se encuentra el baptisterio, en la pila bautismal octogonal de mármol donde fue bautizado, recibiendo el nombre de Fernando. Está decorado con pinturas y azulejos azules y blancos del siglo XVIII, con alegorías al bautismo y un panel con el "sermón de San Antonio a los peces". Sobre el arco, un rótulo recuerda el bautismo del Santo en este lugar.
Escuela de la Catedral y la cruz sobre la piedra
En la Sé el joven Fernando aprendió sus primeras letras, instruido en las "artes liberales" de la escuela catedralicia, recientemente allí creada, como era costumbre en las catedrales medievales. En el Tesoro se conserva una imagen con rara iconografía de "San Antonio monaguillo", con el roquete y la túnica bordados por las princesas de Portugal.
Como monaguillo acudía diariamente a las clases en las galerías superiores de la Catedral. Cierto día, subiendo la escalera de la torre sur, siente la tentación del diablo tratando de apartarle de los caminos de Dios. El joven Fernando traza una cruz en la pared con el dedo y al instante el demonio huye despavorido. La cruz quedó al tiempo grabada en la dura piedra, tal y como hasta hoy se puede ver, protegida ahora por una verja. Una pintura en el frontal de la escalera hace memoria de aquel primer milagro de San Antonio, en la alborada de su juventud, y de la decisión de entregar su vida enteramente a Jesucristo.