El Altar mayor está presidido por una magnífica escultura en bronce  de la Virgen con el Niño

Muchos peregrinos y devotos del Santo desconocen el verdadero título de la Pontificia Basílica de san Antonio. Ciertamente es la basílica del Santo, pero está dedicada a Santa María Madre de Dios (conservando el título original de la antigua iglesita conventual del tiempo del Santo: Sancta Maria Mater Domini)  y a san Antonio.

Por esta razón allí la presencia mariana es abundantísima.

 Un recinto que más que capilla podríamos llamar cofre preciosísimo. La tumba de san Antonio es el corazón no sólo de la basílica paduana sino de la devoción antoniana de todo el mundo. El arca sepulcral de san Antonio se conserva en un recinto que más que capilla podríamos llamar cofre preciosísimo, decorado con las más preciosas joyas del arte para custodiar el aún más precioso tesoro: el cuerpo del amigo fidelísimo del Señor.

El séptimo altorrelieve  representa uno de los milagros más populares del Santo, o posiblemente el más presente en la tradición popular: San Antonio, vuelve a unir el pie a un joven que se lo había cortado como castigo por haber pateado a la madre. Esta obra está firmada por Tullio Lombardo, 1525.

Los dos milagros hoy comentados constituyen una catequesis visual sobre el segundo pecado o vicio capital, la avaricia y la primera virtud teologal, la fe.

El noveno altorrelieve, el último en orden de secuencia en la capilla del Arca, representa otro milagro del Santo: Hace hablar a un recién nacido para testimoniar la inocencia de la madre, acusada injustamente. Es obra de de A. Lombardo, terminado en 1505. 

El mes de junio es, en Padua, el Junio antoniano. Toda la ciudad se involucra en estas celebraciones de su Santo por excelencia. En Padua no se dice "San Antonio" sino "el Santo".

El quinto altorrelieve representa el milagro de la resurrección de un niño ahogado. La obra fue comenzada por Antonio Minello (1520-1528) y la terminó J. Sansovino en 1534.