La raíz de los desórdenes introducidos en la Iglesia había que buscarla en la investidura laica. En efecto, la primera consecuencia que de ahí se derivaba era la simonía.

Una de las figuras más nobles y valientes de esta segunda época medieval fue Gregorio VII. De él toma nombre la gran reforma eclesiástica, que, comenzada por sus antecesores con la ayuda eficaz de santos monjes y de insignes prelados, fue llevada a cabo por sus inmediatos sucesores. Por eso se habla de la “reforma gregoriana”.

Iniciamos la segunda parte de la Edad Media con la subidaal trono pontificio de Gregorio VII (1073). Ya Otón deFreissing (+1158) tenía conciencia de haber entrado en un nuevo periodo histórico, radiante y prometedor, muy distinto del “nebuloso” que acababa de pasar.

Partiendo del monasterio de Cluny, la reforma de los monasterios llegó a todas las naciones cristianas y a las altas esferas eclesiásticas.

Berno fue el primer abad de Cluny, fundado en 910. Su sucesor Odón (926-924) le dio el impulso de conquista y reforma universal. Introducida la observancia benedictina, empezaron a adherírsele otros monasterios. Los abades Mayolo (948-994), San Odilón (994-1049), San Hugón (1049-1109) la llevaron a todas partes. San Hugón llegó a unir unos dos mil monasterios en la reforma.

Hasta bien entrado el XI el Pontificado continuó zarandeado e inmerso en la postración: Papas sometidos a los caprichos de poder temporal, liviandades, renuncias forzadas, golpes de mano... hasta el resurgimiento final

Durante el siglo X y principios del XI llegó el Pontificado a un estado tal de postración, que ha sido designado como el siglo de hierro de la Iglesia.

En el Norte de España se formaron diversos núcleos de resistencia contra los musulmanes: Asturias, Castilla, Navarra, Aragón y Cataluña.

El foco de resistencia en Cataluña lo inició el emperador Ludovico Pío, por lo cual dependió algún tiempo del Imperio. Se llamaba Marca Hispánica. Venciendo gravísimas dificultades, en todos ellos se fue reorganizando la vida eclesiástica, en particular la jerarquía, avanzando en la Reconquista.