El 25 de Mayo de 1927 fue fusilado en Colotlán, Jalisco (Diócesis de Zacatecas); frente al verdugo confortó a su compañero de martirio, Padre Agustín Caloca, diciéndole: «Tranquilízate, hijo, sólo un momento y después el cielo». Luego dirigiéndose a la tropa, exclamó: «Yo muero inocente, y pido a Dios que mi sangre sirva para la unión de mis hermanos mexicanos».
Cristóbal Magallanes encabezó la canonización de un grupo de sacerdotes y laicos martirizados durante la persecución religiosa en México; fue beatificado por el Papa Juan Pablo II el 22 de Noviembre de 1992 y canonizado el 21 de Mayo del 2000 durante el Jubileo. Sus reliquias se veneran con gran devoción en el templo parroquial de Totatiche.
