En la fiesta de San Matías, oyó en el Evangelio que los servidores de Cristo no debían poseer oro, ni plata, ni alforja, ni calzado, ni dos túnicas y San Francisco exclamó: «Esto es lo que yo buscaba y lo que quiero cumplir». Este es el mensaje de Francisco: Reproducir en todo la vida de Jesús, vivir su pobreza, imitar sus pasos y doctrinas. «El mismo Dios me reveló, dice su Testamento, que debía vivir según la norma del Santo Evangelio».
Eligió doce compañeros, como Jesús, y en 1209 fundó los Frati Minori (Frailes menores). En 1212 se les unió Santa Clara, y fundaron la Orden de las Clarisas o de las Damas Pobres. En 1223, en una Navidad de la villa italiana de Greccio, comenzó con la tradición de poner el Pesebre. Peregrinó a Tierra Santa y a Santiago de Compostela.
Al acercarse su muerte dijo: «Sea bienvenida mi hermana la muerte», pidió que le leyeran el Evangelio de la Pasión. Murió en la Porciúncula, el 4 de Octubre de 1226, a los 44 años de edad y fue canonizado dos años después en Asís por Gregorio IX. El pueblo le llamó «el Cristo de la Edad Media». Lope de Vega lo apellidó «Lugarteniente de Cristo» e Isabel la Católica lo invocaba como «Alférez de Cristo, padre mío y muy amado y especial abogado».
