Su madre murió cuando él era todavía joven y su padre falleció como religioso en un convento. Tras ejercer como pastor, ingresó en el ejército bajo las órdenes de Carlos V, la vida militar le hizo muy fuerte, resistente y muy sufrido.
La Santísima Virgen le salvó de ser ahorcado, cuando en cierta ocasión le encargaron la custodia de un gran depósito de armas siendo burlado por el enemigo. Su coronel dispuso que le ahorcaran. Juan se encomendó con fe a la Virgen y consiguió que le perdonaran la vida.
Al salir del ejército se dedicó a vender estampas y libros religiosos. Al acercarse a la ciudad de Granada vio a un niño muy pobre y muy necesitado, se ofreció a ayudarle. Era el Niño Jesús. Y diciéndole: "Granada será tu Cruz", y desapareció.
El 20 de Enero de 1539 se produjo un hecho trascendental, mientras escuchaba el sermón predicado por San Juan de Ávila en la Ermita de los Mártires, tuvo lugar su conversión, se arrodilló y empezó a gritar: "Misericordia Señor, que soy un pecador" y salió gritando por las calles, pidiendo perdón a Dios. Juan de Ávila le aconsejó que peregrinase al Santuario de la Virgen de Guadalupe de Extremadura y tras confesarse con San Juan de Ávila, se propuso una penitencia muy especial: hacerse el “loco” para que el pueblo le humillara.
En Granada se hizo muy popular su dicho: ¡Haced el bien hermanos, para vuestro bien! El señor Obispo le añadió dos palabras a su nombre de pila, llamándole "Juan de Dios".
Sus restos reposan en el camarín de la Basílica de San Juan de Dios, en Granada.
