De 1913 a 1914 ante la persecución religiosa muchos seminaristas huyeron a El Paso (Texas), pero Pedro permaneció en la capital de Chihuahua, siendo ordenado también en El Paso (Texas), al encontrarse enfermo el Obispo de Chihuahua. Ayudó a los pobres con dinero, ropa y él mismo crió y educó a un huérfano. Los campesinos le pedían que bendijese los campos invadidos por plagas de langostas.
Tuvo un interés muy especial en la educación católica de los niños, los jóvenes y los adultos. Entre 1926 y 1929 fue “cazado” según los biógrafos "como a un animal".
El Viernes Santo de 1936, al regresar al pueblecito llamado La Boquilla, en Santa Isabel, fue detenido junto con sus acompañantes.
El Padre Pedro de Jesús Maldonado murió el 11 de Febrero de 1937 tras una brutal paliza en la ciudad de Chihuahua, presidiendo Santa Isabel el 10 de Febrero, Miércoles de Ceniza de aquel año. El Papa Juan Pablo II lo declaró beato en 1992 y fue canonizado el 21 de Mayo de 2000, junto a los 24 compañeros mártires.
