San Clemente es el tercer sucesor de San Pedro, después de los Papas San Lino y San Cleto. Roma le vio nacer al pie del monte Celio, y en Roma fue bautizado. Sobresalió en las letras, especialmente en griego.
Es uno de los llamados Padres Apostólicos y una de las figuras principales de la antigüedad cristiana. Eusebio lo menciona siempre junto a San Ignacio de Antioquia. Según San Ireneo, Clemente había tratado a los Apóstoles, de los que había recibido la predicación viva del Maestro.
Según Tertuliano, de Pedro recibe el diaconado, el sacerdocio y el episcopado. Y según Orígenes, con Pablo colabora en la fundación de la Iglesia de Filipos. Nos entronca, pues, con las mismas fuentes.
Una antigua tradición supone que estuvo emparentado con la ilustre familia de los Flavios. En todo caso, él sólo se gloriaba de ser cristiano.
Clemente gobernó la Iglesia romana, como sucesor del papa San Cleto, del 90 al 99. Su pontificado fue muy fecundo. Fue un verdadero adalid de la unidad de la Iglesia contra todas las fuerzas de dispersión.
El Liber Pontificalis nos conserva las características de su pontificado: «Clemente gobernó la Iglesia durante nueve años. Reorganizó la Comunidad de Roma, dividió la ciudad en siete sectores, encomendados a siete diáconos. Mandó redactar con cuidado las Actas de los Mártires».
El hecho más importante de su pontificado es la Carta dirigida a la Iglesia de Corinto, desgarrada por la discordia, donde los llama a la obediencia del obispo de Roma. Es el documento papal más antiguo, después de las Cartas de San Pedro. Esta Carta es llamada «Primera epifanía del Primado Romano», y el obispo Dionisio de Corinto la veneraba como a la Biblia.
En su Carta a los de Corinto nos muestra Clemente su idea de la jerarquía, de la disciplina y de la liturgia, su espíritu católico, su amplia cultura, su solidez teológica, su amor a la paz y a la unidad.
«Es preciso someterse con humildad. Dejemos la soberbia, enemiga de la armonía. Las ofrendas y los ritos litúrgicos han de celebrarse, no a voluntad de cada uno y sin orden, sino conforme a lo ordenado por el maestro. Sigamos el canon venerable y glorioso de nuestra tradición, conservemos el muro fraterno de la caridad. Sin ella nada es agradable a Dios. La cabeza no es nada sin los pies, pero, a su vez, los pies serían inútiles sin la cabeza. Los pequeños y los grandes se necesitan mutuamente».
¿Cuál fue el final de la vida de San Clemente? La tradición lo presenta como mártir. Parece ser que, por orden de Trajano, fue desterrado al Quersoneso, en la actual península de Crimea. Allí dos mil cristianos, también desterrados, trabajaban con él en las canteras de mármol. San Clemente empezó a consolarlos. Todos acudían a él: «Ruega por nosotros, Clemente, para que seamos dignos de las promesas de Cristo». Y él les decía: «No por mis méritos me ha enviado a vosotros el Señor, sino, por los vuestros, para hacerme también a mí partícipe de vuestras coronas». Más tarde, sigue la tradición, parece que Clemente fue arrojado al mar, y le habrían atado una pesada ancla al cuello, para ser sumergido en las aguas.
Los santos eslavos, Cirilo y Metodio, en el pontificado de Nicolás I (858-867), trasladaron el cuerpo del mártir desde Quersoneso a Roma, y lo colocaron bajo el altar del templo a él dedicado, uno de los templos más antiguos de Roma, situado entre el monte Celio y el Esquilino.