En 1894 pasó a la misión de Mujuk–Deresi, donde estalló una persecución contra los cristianos a causa de su fidelidad a la Iglesia. La matanza de hombres, mujeres, niños y ancianos causó miles de víctimas en la región y el P. Lilli recibió un mensaje de sus superiores sugiriéndole que abandonase su puesto; el misionero respondió: «el Pastor no puede abandonar a las ovejas en peligro». Tras herir al P. Lillo en la pierna le invadieron el convento y fue hecho prisionero. Los soldados trataron de conseguir que renegase de Cristo y se pasase a Mahoma. Tras partir hacia Marasc se reunieron el P. Lilli y sus siete compañeros en la iglesia, les confesó y animó al martirio, que se consumó el 22 de Noviembre de 1895, cuando el P. Salvador Lilli tenía 42 años.
El 3 de Octubre de 1982, el Papa Juan Pablo II les proclamó Beatos, en el VIII Centenario del nacimiento de San Francisco de Asís.
