Con la Segunda Orden Franciscana - las Damas Pobres o Clarisas - comenzó una vida de pobreza al renunciar a todo lo que tenía. Esto sucedió en Santa María de los Ángeles (Porciúncula), en la iglesia que restauró San Francisco.
En 1216 obtuvo del Papa Inocencio III el "privilegium paupertatis", que en 1228 fue ratificado por Gregorio IX, para vivir de limosnas, éste era el ideal de San Francisco, ideal que comenzaron Clara y un grupo de mujeres de Asís. Cuarenta y tres años fueron los que vivió Clara con este ideal sin salir del convento.
En 1230, los sarracenos cayeron sobre el valle de Espoleto y fueron a embestir el convento de San Damián. La entrada en el monasterio significaba para las monjas no sólo la muerte, sino probablemente la violación. Postrada en la cama, con una gravísima enfermedad, se hizo trasladar a la puerta del Convento y mandó que le trajeran el cáliz de plata en el que se reservaba e Santísimo Sacramento y cayó de rodillas delante de Él, pidiendo el amparo del cielo para sí y sus hijas; cuenta la leyenda que del cáliz salió una voz como de un niño que le dijo “Yo os guardaré siempre”, tras lo cual se alzó de la oración. En ese mismo instante los sarracenos levantaron el sitio del monasterio y se fueron a otra parte.
Dos veces logró hacer huir al ejército de Federico II, con sólo mostrarles desde la ventana del dormitorio la custodia con el Santísimo Sacramento (1240), o exhortando a las hermanas a la oración.
Falleció en San Damián, a las afueras de Asís, el 11 de Agosto de 1253. Fue canonizada dos años después por el Papa Alejandro IV.
Nos dejó cuatro cartas, la Regla y el testamento. "Vete en paz ya que has seguido el buen camino; vete confiada, ya que tu creador te ha santificado, custodiado incesantemente y amado, con la ternura de una madre con su hijo". "Oh Dios, bendito seas por haberme creado".
