En 1605, acompañando a Fray Pedro Solís, viajó a Manila y misionó en Japón, ocupando el cargo de maestro de novicios durante seis años; y entre los años 1618 y 1620, misionó y llegó a escribir toda una narración sobre los mártires de Japón en 1622.
En 1613, el Emperador Taicosama expulsó a todos los misioneros y Bartolomé regresó a Manila en 1628. Al ser traicionado, el rey Takanaga mandó apresarle para morir en una hoguera en Omura (Japón), el 3 de Septiembre de 1632, junto a otros misioneros; sus cenizas fueron arrojadas al mar. Fue beatificado por el Papa Pío IX el 22 de Mayo de 1867.
