Ignacio comprendió muy bien esa alma: “Un corazón tan grande y un alma tan noble” -le dijo- “no pueden contentarse con los efímeros honores terrenos. Tu ambición debe ser la gloria que brilla eternamente”. El día de la Asunción de 1534, en la cripta de la iglesia de Montmartre, Francisco Javier, Ignacio de Loyola y otros cinco compañeros se consagraron a Dios haciendo voto de absoluta pobreza, y resolvieron ir a Tierra Santa para comenzar desde allí su obra misionera, poniéndose a la total dependencia del Papa.
Ordenados sacerdotes en Venecia y abandonada la perspectiva de la Tierra Santa, emprendieron camino hacia Roma, en donde Francisco colaboró con Ignacio en la redacción de las Constituciones de la Compañía de Jesús. Sin embargo, fue a los 35 años de edad cuando comenzó su gran aventura misionera. Por invitación del rey de Portugal, fue escogido como misionero y delegado pontificio para las colonias portuguesas en las Indias Orientales. Goa fue el centro de su intensísima actividad misionera, que se irradió por un área tan vasta que hoy sería excepcional aun con los actuales medios de comunicación social: en diez años recorrió India, Malasia, las Molucas y las islas en estado todavía salvaje. “Si no encuentro una barca, iré nadando” decía Francisco, y luego comentaba: “Si en esas islas hubiera minas de oro, los cristianos se precipitarían allá. Pero no hay sino almas para salvar”.
Después de cuatro años de actividad misionera en estas islas, separado del mundo civilizado, se embarcó en una rústica barca hacia el Japón, en donde, entre dificultades inmensas, formó el primer centro de cristianos. Su celo no conocía descansos: desde Japón ya miraba hacia China. Se embarcó nuevamente, llegó a Singapur y estuvo a 150 kilómetros de Cantón, el gran puerto chino. En la isla de Shangchuan, en espera de una embarcación que lo llevara a China, cayó gravemente enfermo. Murió a orillas del mar el 3 de diciembre de 1552, a los 46 años de edad.
Fue canonizado el 12 de Marzo de 1622 junto con Ignacio de Loyola, Felipe Neri, Teresa de Jesús y el santo de Madrid, Isidoro. ¡Buen grupo formado por cuarteto español y solista italiano!
Es patrono de las misiones en Oriente y comparte el patronato universal de las misiones católicas con Teresa de Lisieux.