Su madre llevaba el nombre de la Virgen, nace junto a la catedral, dedicada a santa María y allí, con los canónigos, recibe su primera educación entre los años 1201 y 1210.
En el 1210 entra con los canónigos regulares de San Vicente en Lisboa, que seguían la Regla de san Agustín. En el 1212 pasa a la Colegiata de la Santa Cruz, en Coímbra con los mismos canónigos donde realiza sus estudios teológicos y es ordenado sacerdote en 1220. En este mismo año, conmovido por el ejemplo del martirio de los primeros franciscanos que dieron su vida por fidelidad a Cristo y al Evangelio, deja los canónigos regulares de Regla agustina y pasa a la Orden de los Menores, la Orden mendicante recientemente fundada por Francisco de Pedro Bernardone en Asís, Italia en la cual permanecerá hasta su muerte el 13 de junio de 1231. Es decir que en su corta vida, de alrededor de treintiséis años, pasó diez con los Agustinos y casi once con los Franciscanos; así pues la espiritualidad mariana de san Antonio tiene una raíz agustina y franciscana. Veamos algunos rasgos de ambas corrientes de espiritualidad.
Decíamos que san Antonio es "mariano" porque es cristocéntrico, porque reconoce el primado de Cristo sobre todo y sobre todos de ahí que María en cuanto Madre de Dios (el Verbo hecho carne, Jesús) tiene un puesto privilegiado en su corazón y en su pensamiento. Dicho en otras palabras, la mariología es consecuencia de la cristología. El Misterio de María no tiene sentido si no se ve en su relación profunda y única con el Misterio de Cristo y, como nos recuerda el Concilio Vaticano II, de la Iglesia.
San Agustín considera lógico que la condición de María, madre del Verbo, exigía una pureza absoluta y una santidad plena. Reconoce el alcance universal del pecado original que toca a todos los nacidos, pero "Exceptuando a la santa Virgen María, acerca de la cual, por el honor debido a nuestro Señor, cuando se trata de pecados, no quiero mover absolutamente ninguna cuestión, porque sabemos que a ella le fue conferida más gracia para vencer por todos sus flancos al pecado, pues mereció concebir y dar a luz al que nos consta que no tuvo pecado alguno" (De natura et gratia, 42). Reconoce la santidad personal de María, libre de todo pecado personal, pero no llegó a entender, cómo se había beneficiado de la redención de Cristo en el momento de su Concepción. Tampoco san Antonio llegó a entenderlo. La Iglesia, a través de los siglos, con la ayuda de la Orden de los Menores y de la fe inspirada del Pueblo de Dios, logró explicarlo en modo y estable en 1854.
Por su parte san Francisco de Asís, que centra su espiritualidad en el Misterio del Verbo Encarnado, la prueba máxima del amor de Dios para con nosotros, "rodeaba de amor inefable a la Madre de Jesús porque había hecho hermano nuestro al Señor de la majestad. En su honor cantaba alabanzas particulares, elevaba plegarias y ofrecía tantos y tales afectos que la lengua humana no podría expresar. (...) la constituyó abogada de la Orden y puso bajos sus alas alos hijos que él estaba a punto de dejar, para que encontraran allí calor y protección hasta el final" (2Celano CL) . Intuye además en modo profundo y vivencial la relación de María con la Trinidad Santísima, "en el mundo, entre las mujeres (le canta san Francisco), no ha nacido ninguna semejante a ti, hija y esclava del altísimo y sumo Rey, el Padre celestial, madre de nuestro santísimo Señor Jesucristo, esposa del Espíritu Santo" (Oficio de la Pasión, antífona). En estas fuentes bebió san Antonio y en ellas alimentó su amor por la Virgen Santísima y penetró su Misterio.