Al morir sus padres repartió todos sus bienes entre los pobres y, con tres años de oración y meditación se decidió por el sacerdocio. Estudió filosofía y teología en la Universidad de Alcalá, creando una amistad con el Padre Pedro Guerrero, Arzobispo de Granada y su amigo de toda la vida.
Al predicar los sermones se encontraba acompañado por mucha gente que deseaba escucharle; los preparaba en unas cuatro o cinco horas de oración y de rodillas, hasta los sacerdotes quedaban muy impresionados y les servía para meditar sobre la Pasión de Jesucristo.
A sus discípulos les decía: “Las Almas se ganan con las rodillas”. Dios le concedió a San Juan de Ávila la cualidad de tener un gran ascendiente sobre los sacerdotes, por lo que el Sumo Pontífice le nombró “Patrono de los Sacerdotes Españoles”.
Acusado, por envidias, a la Inquisición, San Juan de Ávila fue trasladado a la cárcel (1532-1533), pero reconociendo su inocencia le sacaron de la cárcel y el pueblo le ovacionó como a un “Gran Héroe”. Con las cartas que el pueblo le envió, publicó un libro muy afamado con el título de “Oye hija”.
Su gran devoción a la Virgen le llevó a exclamar: “Más preferiría vivir sin piel, que vivir sin devoción a la Virgen María”.
Siempre cumplía lo que dijo Jesús: “Mi Padre, al árbol que más quiere, más lo poda, para que produzca mayor fruto”.
Murió el 10 de mayo del año 1569, diciendo “Jesús y María”. Fue Beatificado por León XIII en 1894 y Pablo VI lo declaró Santo en 1970.
El 7 de Octubre 2012 el Papa Benedicto XVI proclamó Doctor de la Iglesia al español San Juan de Ávila junto a la alemana, Santa Hildegarda de Bingen durante la Celebración Eucarística de apertura del Sínodo de los Obispos de la Nueva Evangelización y destacó que San Juan de Ávila que vivió en el siglo XVI fue un "profundo conocedor de las Sagradas Escrituras, estaba dotado de un ardiente espíritu misionero".