En 1573 Felipe II le nombró presidente de la Inquisición en Granada, donde continuó hasta 1579. En 1579 fue nombrado Arzobispo de Lima por el papa Gregorio XIII. Celebró tres concilios provinciales limenses. Difundió a la Iglesia, catequizando y convirtiendo a los pueblos nativos, hasta que finalmente en Saña (Perú), falleció en 1606. Fue beatificado en 1679 y canonizado en 1726.
El concilio plenario americano de (1900) lo llamó “Totius episcopatus americani luminare maius”, que quiere decir “La lumbrera mayor de todo el episcopado americano”.
