En 1753 entró en la Compañía de Jesús siendo novicio en Tarragona y estudiando en Manresa, Calatayud y Zaragoza, ejerciendo el ministerio sacerdotal entre la enseñanza y las visitas a los pobres y a los encarcelados.
En 1762 fue ordenado sacerdote y en 1767 por decreto, el rey Carlos III expulsó de España a los jesuitas; trasladándose a Córcega, Génova y Ferrara.
En Bolonia (1773-1797) dieron fe de un hombre que sabía adoptar actitudes de una gran altura humana con los hombres, dándoles una confianza sobrenatural con Dios.
Trabajó con toda su alma para restaurar la Compañía de Jesús y, fue en el siglo VII cuando, habiendo ya fallecido, Pío VII recuperó la Compañía de Jesús en el año 1814, por lo que José Pignatelli siempre ha sido, es y será llamado el segundo padre de la Compañía de Jesús.
Murió en San Pantaleón en 1811 agotado por la enfermedad y por todos los sufrimientos que pasó en toda su vida. Tres años después, el Papa Pío XI volvió a Roma y decretó instituida la Compañía de Jesús en el mundo.
Benedicto XV promulgó en 1917 la heroicidad de todas sus virtudes y Pío lo declaró Beato en el año 1933. En 1954 Pío XII lo inscribió en el catálogo de los santos.
El Papa Pío XII, siendo aún Cardenal Pacelli y antes de la canonización escribió: "San Ignacio de Loyola, paladín de la vida, y José Pignatelli, paladín de la resurrección, son las dos columnas del arco triunfal de la Compañía de Jesús".
