Tras entrar en el noviciado de los franciscanos, no pudo resistir la austeridad y se escapó del convento y regresó a su casa paterna para ejercer algunos años el oficio de platero, posteriormente, su padre Alonso de las Casas, le envió a las islas Filipinas a probar fortuna. Con 18 años, se estableció en el emporio de artes, riquezas y placeres de la ciudad de Manila.
Comenzó a notar un gran vacío de Dios y volvió a oír la tenue llamada de Cristo: "Si quieres venir en pos de Mí, renuncia a ti mismo, toma tu cruz y sígueme" (Mt. 16, 24).
Felipe tomó la cruz, entró en los franciscanos de Manila tomándose muy en serio su conversión... oró mucho, estudió, cuidó a los enfermos y necesitados. Un buen día le anunciaron que ya podía ordenarse sacerdote, y que tendría lugar precisamente en su ciudad natal (México).
Se embarcó junto a Fray Juan Pobre y otros franciscanos rumbo a la Nueva España; y un gran temporal arrojó al navío a las costas de Japón, entonces, evangelizado por Fray Pedro Bautista y algunos Hermanos de Filipinas. Felipe se sintió dichoso en su conversión.
Felipe siguió hasta el último suplicio a San Pedro Bautista y a los misioneros franciscanos que evangelizaron Japón; sufrió y deseó que le cortaran una oreja como a todos los demás y, finalmente en Nagasaki, en compañía de otros 21 franciscanos, cinco de la Primera Orden, quince de la Tercera Orden y tres jóvenes Jesuitas, se abrazó a la cruz y fue colgado, suspendido mediante una argolla y atravesado por dos lanzas. Felipe fue el primero en morir el 5 de Febrero de 1597 en medio de todos aquellos gloriosos mártires y sus últimas palabras fueron: "Jesús, Jesús, Jesús". Fue beatificado el 14 de Septiembre de 1627 y canonizado el 8 de Junio de 1862.
