En el año 649 fue elegido Papa y, poco después, convocó un Concilio, para condenar la herejía “Monotelista”, de los que decían que Jesucristo no había tenido voluntad humana, sino sólo voluntad divina. Proclamó el Dogma de la Virginidad perpetua. Como el Emperador Constante II, de Constantinopla, era hereje monoteísta, envió a un batallón militar para darle muerte.
Sin embargo, el agravio contra el Pontífice fue infructuoso, provocando la cólera del Emperador. Éste mandó otro batallón, y aprovechando la enfermedad del Papa, lo apresaron y lo trasladaron a Constantinopla, en un tormentoso viaje, en el cual el Papa soportó pacientemente, durante 14 meses, los abusos y malos tratos de sus captores.
En Constantinopla, el Emperador lo expuso en público, para que el pueblo lo humillara. Un tribunal de herejes lo condenó sin permitirle que dijera una palabra en su defensa, encerrándolo en el calabozo. Por petición del Patriarca de Constantinopla, el Papa logró ser desterrado al desierto, donde pasó más tormentos y sufrimientos, pero continuó rezando a Dios por sus feligreses y enemigos. Falleció el año 656, siendo declarado santo en Constantinopla.