Ese primitivo convento, llamado “de la Ciudad”, había sido fundado en 1217 por el beato Zacarías, el mismo que fundara el de Alenquer. Era inicialmente una pobre barraca, en los fondos de la que fue la primera iglesia construida tras la reconquista de Lisboa a los moros, en octubre de 1147.
En esa colina, a poniente del castillo de Lisboa, hoy conocida como el “Chiado”, estaba el campamento de los cruzados ingleses que auxiliaron providencialmente al Rey don Alfonso Henríquez y a las fuerzas portuguesas a liberar y recristianizar la Ciudad.
Corría el mes de mayo y la misión de conquistar Lisboa se vislumbraba difícil. Pero he aquí que el rey ve surgir en el mar el auxilio necesario: una armada de cruzados, compuesta por cerca de 13 mil hombres distribuidos en 200 navíos, procedentes de Alemania, Flandes, Normandía e Inglaterra, que se dirigían a Tierra Santa para rescatar los Santos Lugares a los infieles. En la primera línea de barcos se destacaba una imagen de la Virgen María.
El rey hizo un voto que de inmediato cumplió, cuatro días después de la rendición del gobernador musulmán: edificar en honra de la Santísima Virgen un templo en donde el pueblo de Lisboa pudiese venerar aquella imagen sagrada y que permaneciese como memoria para los siglos futuros, de la protección ofrecida por la Reina Celestial.
Precisamente sobre las sepulturas de los caballeros caídos en la conquista de la Ciudad, que morían en la condición de mártires, en defensa de la Fe, se irguió la iglesia, dedicada a Nuestra Señora de los Mártires, cuya imagen se venera aún hoy en el altar mayor. Allí se administró el primer bautismo de la Lisboa cristiana.
