La tumba del Santo se encuentra, entrando a la basílica, a mano izquierda. Se podría pensar, según el P. Virgilio Gamboso, que aquí estaba el ábside de la original iglesita de Santa María Mater Domini (la capilla conventual del tiempo de s. Antonio), donde quiso morir, aunque no pudo llegar vivo allí el viernes 13 de junio de 1231. Allí fue sepultado el martes 17 de Junio de 1231 (de aquí la devoción del martes como día dedicado a la devoción antoniana) y allí permaneció hasta el 8 de Abril de 1263, año de la primera exhumación y reconocimiento del cuerpo del Santo, para trasladarlo a la nueva basílica ya terminada. Esta ceremonia fue presidida por San Buenaventura de Bagnoregio, Ministro General de la Orden de los Menores. En esta ocasión, con asombro de todos los presentes, fue encontrada incorrupta la lengua del gran predicador y taumaturgo y colocada aparte en un precioso relicario, donde aún se conserva.
En 1310, el cuerpo del Santo fue trasladado de nuevo al lugar original, donde ya estaba terminada la capilla gótica que lo albergaría hasta hoy. Esta capilla, “afrescada” por el insigne artista Stefano da Ferrara, permaneció así hasta el 1500, en que fue completamente transformada en el estilo renacentista que hoy conocemos, gracias a una “conspícua” herencia (3.000 ducados), que fray Francisco Sansone, Ministro General de la Orden dejaba con este objetivo.
Siguiendo el recorrido habitual de los peregrinos, al entrar en la Capilla del Arca (así llamada por contener el arca sepulcral del Santo), nos encontramos sumergidos en el interior de un precioso cofre tapizado de maravillosos relieves de mármol.
La primera obra, de A. Minello, 1512, representa el momento, en que Fernando de Bulhöes, canónigo regular, que seguía la regla de San Agustín, deja su comunidad para pasar a la nueva Orden de los Menores, fundada por San Francisco de Asís en 1209.
¿Por qué cambia el nombre de Fernando a Antonio? La respuesta se podría encontrar en el hecho de que la iglesita donde residían los Menores estaba dedicada a San Antonio Abad, todavía hoy conocida como San Antonio de los Olivares, en Coímbra, aunque la devoción la lleva aquel que allí cambió su nombre en Antonio.
Nuestro Santo había conocido a los frailes Menores, de poco tiempo establecidos en Coímbra, en los Olivares, porque venían a pedir limosna al monasterio de Santa Cruz, donde vivía. Se admiraba de la simplicidad de estos hombres que, siendo analfabetos, ejercían sobre él una grata impresión por la simplicidad y autenticidad de sus vidas, totalmente dedicadas a seguir a Cristo radicalmente en pobreza y minoridad.
El 16 de Enero de 1220, fueron brutalmente asesinados en Marruecos los primeros mártires de la Orden. Cuando San Francisco lo supo exclamó gozoso: "Ahora puedo decir con seguridad que tengo cinco hermanos menores". En el otoño de este mismo año, el Infante don Pedro de Portugal, trajo a Coímbra las reliquias de los protomártires franciscanos, cuya vista dejó una huella profunda en el alma de nuestro Santo.
Un día se acercó, hasta los Olivares, para hablarles, como era su costumbre, y les dijo: "Hermanos, queridísimos, vestiré con grande entusiasmo el hábito de vuestra Orden si me prometéis que, una vez entre vosotros, me mandaréis a tierra de sarracenos, para que pueda también yo conseguir una parte de la corona de los santos mártires". Obtenido, en tiempo brevísimo, el permiso de sus superiores canónigos y aceptado por los superiores franciscanos, en el mismo monasterio de Santa Cruz se realizó su vestidura, dando así comienzo a la nueva vida como fraile menor y con el hábito con que lo conocemos y es tan entrañable, ceñido a la cintura con la cuerda de tres nudos.
