Nació (715-764) en Constantinopla, la actual Estambul (Turquía), en la época de las persecuciones iconoclastas.
A los quince años de edad, San Esteban el Joven pidió a sus padres permiso para ingresar al antiguo monasterio de San Auxencio, en Bitinia, cerca de Calcedonia, donde se le asignó el encargo de acarrear las provisiones.
Cuando su padre murió, San Esteban acudió a Constantinopla para arreglar todos los asuntos legales; ahí vendió toda su herencia y repartió el dinero entre los pobres.
Su madre y sus hermanas habían profesado ya en un monasterio en Bitinia, de modo que regresó a San Auxencio, donde llegó a ser abad hacia el año 745.
El monasterio estaba integrado por celdas individuales que estaban dispersas por el Monte Auxencio, y San Esteban ocupó una caverna cerca de la cumbre, donde pasaba el tiempo copiando libros.
En el año 753, el emperador de Oriente, Leo, y su hijo y sucesor Constantino Coprónimo desataron una cruenta persecución contra aquéllos que veneraran imágenes; esta aversión a las imágenes se conoce como iconoclasia.
Constantino Coprónimo conocía la honorabilidad que caracterizaba a San Esteban el Joven, y le solicitó apoyo para su causa, pero el santo ermitaño se negó categóricamente.
En represalia, los soldados que le llevaron el comunicado incendiaron el monasterio y la iglesia, y llevaron preso a San Esteban a Crisópolis, donde fue juzgado acremente por un grupo de obispos.
San Esteban fue desterrado a la isla de Proconeso de Propóntide, y años más tarde el emperador Constantino Coprónimo lo mandó llamar a Constantinopla. Ahí lo tentó con falsas argumentaciones iconoclastas, pero San Esteban respondió siempre con agudeza e inteligencia.
Las respuestas del monje sacudieron a Coprónimo y desataron su ira, hasta que lo condenó a ser azotado; sin embargo, sin que mediara orden del emperador, San Esteban fue asesinado por un grupo de oficiales en el palacio de Constantinopla.
San Esteban el Joven también es venerado como mártir por la Iglesia Ortodoxa Griega.