Acudió a San Alfonso de Ligorio buscando para él un gran consejo, entonces fue cuando éste le confirmó en su gran vocación y Francisco Javier, entró en la Congregación de los Clérigos Regulares de San Pablo, (los barnabitas).
Enfermó durante tres años y por fin, al mejorar y rehacerse realizó grandes progresos en sus estudios, distinguiéndose en la literatura y en las ciencias. Ordenado sacerdote en 1767, le dieron tal confianza, que no sólo le permitieron oír confesiones a pesar de ser muy joven (cosa muy rara en Italia), sino que le nombraron superior de dos colegios.
Muchos años antes, una de sus penitentes, Santa María Francisca de Nápoles, muerta en 1791, había prometido al P. Bianchi que se le aparecería tres días antes de que él pasara a mejor vida. Y la Santa cumplió su promesa, en efecto, San Francisco Javier Bianchi exhaló el último suspiro el 31 de Enero de 1815 y canonizado en 1951 por Pío XII.
