A pesar de ser el santo más universal, con su imagen presente en la mayoría de las iglesias esparcidas por los cinco continentes, son sin embargo poco conocidos los lugares de su tierra natal, en donde pasó gran parte de su vida y recibió notable formación, antes de partir como predicador fuera de sus fronteras.
La historia de San Antonio –Fernando Martins de Bulhões en el bautismo– comienza en Lisboa, ciudad donde nació alrededor de 1195 (hoy se apunta como más probable el año 1192), en el tradicionalmente fijado 15 de agosto, en una casa frente a la Catedral, consagrada algunos años antes, tras la reconquista de Lisboa a los moros, en 1147.
De familia acomodada y noble, sería esta casa digna de su condición, unida a la tradición de sus nobles progenitores: su padre Martins de Bulhões, considerado por muchos como descendiente del célebre Godofredo de Bouillón, comandante de la primera cruzada, y la madre, Doña Teresa Taveira, que descendía de Fruela I, rey de Asturias.
Esta casa natal de San Antonio habrá sido lugar de veneración y culto desde muy pronto, con la edificación de una capilla de pequeñas dimensiones dedicada al Santo. Data ya del siglo XVI, en pleno periodo de los descubrimientos, la edificación de una iglesia por 
iniciativa real de Don Manuel I, llamado “el Venturoso”. Sin embargo, el primero de Noviembre de 1755 dicha construcción fue arrasada por el terremoto de Lisboa, salvándose la capilla mayor y la cripta, con la estancia natal del Santo.
Enseguida se decide la construcción de una nueva iglesia, comenzando los niños de Lisboa a pedir “un tostonciño para San Antonio”. Al efecto, levantan pequeños altares en las calles para alentar la recaudación, tradición que aún se mantiene en la semana del Santo.
El templo actual fue edificado entre 1767 y 1787, según el proyecto de Mateus Vicente de Oliveira, arquitecto de la gran Basílica de la Estrella, en Lisboa. De líneas sinuosas en el diseño de la fachada y la escalinata, se ajusta al estilo tardo-barroco característico de la reurbanización pombalina.
El interior de la iglesia es de una sola nave, con cubierta abovedada en cuña y con el uso abundante de mármoles coloridos. Destaca igualmente la riqueza de los altares de la segunda mitad del siglo XVIII, del pintor portugués Pedro Alexandrino, y los azulejos de la sacristía, de la misma época.
En el altar mayor se alza la antigua imagen quinientista del santo patrono, salvada milagrosamente del terremoto, encontrada intacta bajo los escombros.
Pero el corazón de la iglesia es la cripta –lugar donde nació San Antonio– bajo la capilla mayor, a la que se accede por la sacristía. Juan Pablo II la visitó en 1982. En esta sencilla estancia abovedada y de paredes de caliza blanca, un altar señala el lugar donde nació, con la inscripción: “Nascitur Hoc Parva ut Tradunt Antonius Aede Quem Coelinobis Abstulit Alma” - “En esta pequeña casa, según la tradición, nació y habitó Antonio, cuya alma el cielo nos arrebató”.
