Era hijo de una familia cristiana y contaba con ascendencia tanto latina como griega. El padre de Juan murió siendo él un niño. Desde entonces su madre le dio una profunda formación cristiana y estudió filosofía y retórica.
A los 18 años se convirtió en el acompañante del obispo de Antioquía, Melecio. Pero, al recibir el bautismo pasados tres años, decidió retirarse al desierto. Estuvo allí durante seis años hasta que, debido a problemas de salud, volvió de nuevo a la ciudad de Antioquía.
Una vez allí, es ordenado diácono en el 381 y sacerdote en el 386. Durante su labor sacerdotal demuestra una conducta intachable iluminando al pueblo con su sabiduría y doctrina. En el 397 muere el obispo de Constantinopla y es elegido para sucederle, siendo consagrado a principios del 398 por Teófilo, Patriarca de Alejandría.
San Juan empezó enseguida con su trabajo episcopal. En primer término realizó una reforma del clero. Mas tarde se dedicó al asunto económico e hizo desaparecer los dispendios inútiles de su iglesia y recortó los excesivos bienes pertenecientes al obispo. Exhortó también a las viudas y a los ricos para que supieran vivir según su estado.
Se dice que gracias a esta intensa labor “los partidarios de toda clase de espectáculos, abandonados los atrios del diablo, iban a las estancias del Salvador atraídos por la dulzaina del pastor que amaba a las ovejas». (Dial. Hist. 5: PG 47,21).No pretendía dedicarse mas que a su labor episcopal. Sin embargo, por petición del emperador Arcadio soluciona un problema con unos rebeldes. A partir de entonces, y guiados por la envidia, sus contrarios le echan en cara el haber actuado fuera de su jurisdicción. Además, sufriendo estas calumnias, ha de solucionar un problema entre un colaborador suyo y otro obispo.
Desde ese momento todo eran intrigas contra San Juan Crisóstomo. Primero lo intentó el patriarca Teófilo, ya que él no había accedido a la sede episcopal de Constantinopla. El patriarca reunió en un sínodo a todos los obispos que eran contrarios a San Juan, 36 en total. Allí decidieron pedir al emperador la deportación del obispo de Constantinopla y así lo hicieron. El emperador accedió y firmó. Sin embargo, la emperatriz consiguió de su marido el regreso del Crisóstomo. Durante dos meses fue todo bien hasta que, en la fiesta de San Juan Bautista, pronunció una homilía en la que la emperatriz se vio interpelada y humillada. Debido a este suceso, los contrarios a San Juan pidieron a la mujer del emperador la deportación del santo obispo. Nuevamente fue deportado, pero esta vez a Armenia. Sin embargo, los obispos enemigos de San Juan estaban molestos por las peregrinaciones de los antioquenos a Armenia. Ante esta situación pidieron que fuese desterrado a Pitio. Así se hizo, pero durante el camino, estando en Comana, en el Ponto, San Juan murió diciendo: “Gloria a Dios por todo”. En el 438 su cuerpo fue llevado a Constantinopla y enterrado en la iglesia de los Apóstoles.
