Hay varias leyendas sobre la aparición de la Virgen, la más conocida dice que se apareció sobre una encina.
Otra leyenda cuenta que un pastor encontró la talla sobre un espino y construyeron allí una pequeña ermita, quisieron buscar un mejor lugar para construir una iglesia y al querer trasladar la imagen de sitio, la imagen se arraigó al suelo y una voz pronuncio las palabras en euskera ¡Bego Oina! Que significa ¡Quieto el pie!, así que tuvieron que construir el nuevo templo en el mismo sitio en el cual se encuentra hoy en día la Basílica de Nuestra Señora de Begoña.
A la virgen de Begoña se le tiene gran devoción en Bilbao y en toda Vizcaya, hay muchas historias que cuentan que se sacaba la virgen en procesión por Bilbao cuando sucedía alguna catástrofe como inundaciones o epidemias y la virgen ayudaba a que estas remitieran.
Actualmente hay dos días importantes en que sus fieles se acercan a la Basílica de Begoña, el 15 de Agosto día de la Virgen y el 11 de Octubre festividad de Begoña, en los cuales se organizan peregrinaciones a pie desde distintos puntos de Vizcaya.
También es tradición que los equipos de futbol y baloncesto de la ciudad hagan una ofrenda floral a la virgen antes del comienzo de la temporada.
Sobre la virgen de Begoña y su Basílica hay muchas historias de milagros, saqueos, guerras, reconstrucciones… etc., pero una bonita historia cuenta como llego a convertirse en patrona de una pequeña pedanía de Tenerife.
En agosto de 1948 varios jóvenes de Bilbao navegaban en peregrinación a Santiago a bordo del vapor “Aragón”. Se les ocurrió lanzar una botella taponada y sellada con un mensaje que decía: “…35 peregrinos de Bilbao a Santiago de Compostela, saludan a los que se encuentren el mensaje…” añadieron cinco estampas de la Virgen de Begoña con una dirección del posible contacto. En abril de 1949 unos campesinos hallaron la botella en la playa de piedras de Almaciga, una pedanía de Santa Cruz de Tenerife.
