Nació el 24 de Octubre de 1491 en el castillo de Loyola en Azpeitia, población de Guipúzcoa, cerca de los Pirineos. Hijo de don Bertrán, señor de Ofiaz y de Loyola, jefe de una de las familias más antiguas y nobles de la región y de Marina Sáenz de Licona y Balda. Iñigo (pues ése fue el nombre que recibió el santo en el bautismo) fue el más joven de los ocho hijos y tres hijas de la noble pareja. De joven fue paje en la corte de Fernando el Católico. Hizo la milicia a las órdenes de Antonio Manrique de Lara, duque de Nájera, y participó en la represión de la revuelta de las Comunidades. Iñigo luchó contra los franceses en el norte de Castilla. Pero su breve carrera militar terminó abruptamente el 20 de mayo de 1521, cuando una bala de cañón le rompió la pierna durante la lucha en defensa del castillo de Pamplona. Después de que Iñigo fue herido, la guarnición española capituló. Tuvo durante su convalecencia en un hospital algunas visiones. Mientras se recuperaba leyó varios libros religiosos que le llevaron a consagrarse a la vida espiritual y abandonar su vida mundana. Después de hacer confesión en el monasterio de Montserrat en 1522, se retiró a una cueva cerca de Manresa (en la provincia de Barcelona) donde vivió y rezó durante 10 meses con una gran austeridad, tras lo cual emprendió un viaje de peregrinación a Jerusalén. Formuló sus Ejercicios espirituales durante su retiro en Manresa, y utilizó como modelo Ejercicios para la vida espiritual (1500), del abad español García de Cisneros. La obra es en lo esencial un manual para la meditación sobre el sentido de la vida y sobre el perfeccionamiento de una forma de vivir.
Las meditaciones están divididas en cuatro periodos o semanas: la primera trata de la conversión de la persona pecadora; la segunda se refiere a la adaptación de la persona convertida, al modelo de Cristo; la tercera afronta el fortalecimiento a través de la apreciación de la pasión y muerte de Cristo; y la cuarta muestra la transformación de la persona que se identifica de forma plena con el Salvador resucitado y triunfante glorificando a Dios Padre.
Los Ejercicios espirituales constituyen el modelo para la mayoría de las misiones y retiros católicos. De vuelta a España en 1524, estudió en las universidades de Barcelona, Alcalá de Henares y Salamanca, y en 1528 viaja a París, en cuya universidad estudia y se licencia en artes; al año siguiente funda una fraternidad piadosa, la que más tarde sería la Compañía de Jesús.
En 1537 los miembros que componen la fraternidad se dirigen a Roma, donde Loyola es ordenado sacerdote (1538) y donde obtienen el permiso oral del papa Pablo III, quien dio la confirmación oficial de la orden en 1540.
En Roma fundó los colegios: Romano y Germánico. Por la bula Mare magnum, la Compañía es declarada exenta de jurisdicción episcopal, de tributación y de tener a su cuidado la dirección espiritual de religiosas. Un año después fue elegido primer general de la orden y, además de administrar los asuntos de la Compañía, se dedicó a terminar sus Ejercicios espirituales y a escribir las Constituciones de la orden, terminadas después de su muerte en Roma el 31 de julio de 1556, que, en lo sustancial, nunca han sido modificadas. Es enterrado en el lugar donde actualmente está la iglesia del Gesú en Roma.
Fue canonizado por el Papa Gregorio XV en 1622 y se le venera como patrón de los retiros. Su festividad se conmemora el 31 de Julio.
