Nació en Francia, en los límites con España, en 1160.
Durante sus primeros años se dedicó a los estudios de bachillerato y a la equitación y al deporte de la natación. Pero las dos actividades que más le agradaban eran la oración y el dedicarse a ayudar a los pobres. Frecuentemente se retiraba a una ermita alejada del pueblo y allí pasaba varios días dedicado a la meditación.
Su padre lo envió a París y allá obtuvo el doctorado y luego fue ordenado sacerdote.
Las antiguas crónicas dicen que durante la celebración de su Primera Misa tuvo una visión celestial: vio a unos pobres cristianos prisioneros de los mahometanos y con peligro de renunciar a su religión, y observó cómo un religioso vestido de blanco y con una cruz roja y azul en el pecho los libraba y los salvaba de perder su fe. Con esto creyó sentir una invitación celestial a fundar una comunidad para libertar cristianos.
Juan fue a consultar a San Félix de Valois, que vivía retirado meditando y rezando y después de varios días de rezar con él, le narró la idea que tenía de fundar una comunidad de religiosos para libertar cautivos. A San Félix le pareció muy buena idea y los dos se fueron a Roma a conseguir el permiso del Papa.
Inocencio III no era muy amigo de fundar nuevas congregaciones religiosas pero las oraciones de estos dos santos lograron la buena voluntad del Pontífice y les concedió su aprobación. Juan fue consagrado obispo y a los religiosos se les concedió un hábito banco con una cruz roja y azul en el pecho. Superior General de la Comunidad fue nombrado Juan de Mata.
El rey de Francia Felipe Augusto les concedió autorización para conseguir fondos en favor de los prisioneros, y así nuestro santo hizo varios viajes al Africa a libertar cautivos.
Los piratas mahometanos llegaban a las costas españolas y francesas y se llevaban prisioneros a todos los que encontraban. Y había el grave peligro de que aquellos pobres esclavos, en medio de tan terribles sufrimientos, renegaran de su fe para que no los trataran mal. Por eso San Juan de Mata se propuso rescatarlos.
En el año 1201 Juan de Mata y sus religiosos lograron rescatar en Marruecos 186 prisioneros. Al año siguiente en Túnez rescataron 110 prisioneros. Por cada uno había que pagar una crecida suma de dinero, y los Padres Trinitarios iban de ciudad en ciudad y de campo en campo consiguiendo con qué pagar el rescate de los pobres esclavos.
San Juan de Mata tuvo que sufrir mucho por parte de los mahometanos que le tenían mucha antipatía por los sabios consejos que les daba a los esclavos cristianos para que no se dejaran quitar su santa religión.
Un día en que Juan volvía del Africa con 120 prisioneros cristianos que había libertado de la esclavitud de los musulmanes, un grupo de piratas mahometanos asaltó su barco, destruyó el timón y rasgó las velas (telas por las cuales el viento empujaba la embarcación). Los pasajeros creyeron que iban a naufragar en el mar, pero el santo hizo unas nuevas velas uniendo los mantos de todos ellos, y se puso a rezar, y así sin timón, pero lleno de confianza en Dios, y suplicando que Nuestro Señor hiciera de piloto, y colocándose en la proa del barco con un crucifijo en las manos, logró tener un próspero viaje y desembarcaron sanos y salvos en Ostia (Italia).
Los últimos años los pasó en Roma dedicado a la predicación y a conseguir ayudas para los pobres y murió santamente en el año 1213.
Este santo se preocupó siempre de ocultar los hechos más admirables de su vida. El cumplía aquel antiguo principio: "Hay que amar el permanecer oculto y el no ser conocido".
Un religioso de su comunidad, el Padre Juan Gil, recató en 1580 a Miguel de Cervantes, autor del Quijote, que estaba preso de los musulmanes desde 1575.
En el año 1660 la Santa Sede autorizó el culto a San Juan de Mata, y hoy en día son muchos los que en el mundo entero siguen recibiendo de Dios el mismo llamamiento que él recibió del cielo: ir a ayudar a los que sufren en cárceles y prisiones.
Jesús prometió que en el día del Juicio Final dirá a muchos de los que estarán a su derecha: "Venid benditos de mi Padre, porque cuando Yo estuve preso me fuisteis a ayudar. Todo lo que hicisteis con los demás aun con los más humildes, a Mí me lo hicisteis" (S. Mateo 35,40).
