La elección tuvo lugar el 30 de Mayo de 1227, siendo elegido Fray Juan Parenti, que buen conocedor de la valía de Antonio, le nombró provincial de Romaña.
Muy querido por sus frailes, recorrió los lugares de su provincia donde había conventos franciscanos; uno de ellos fue Vercelli, donde predicó en la catedral con gran impacto y conoció al teólogo y Canónigo regular Tomás Galo.
Estuvo en Padua durante largas estancias, que aprovechó para fundar una escuela de franciscanos y se dedicó a escribir la serie de sermones festivos. Fruto de esta labor fue el aumento de las misiones de predicación y la fundación de numerosos conventos. En el capítulo general de 1230, reunido con ocasión del traslado de los restos de San Francisco a la Basílica de Asís, pidió a Fray Juan Parenti que le retirase el cargo, a causa de su mala salud.
Defensa del espíritu de la Regla
El General aceptó su renuncia a cambio de que formara parte de una comisión que debía presentar al Papa Gregorio IX varias cuestiones sobre la regla franciscana que el pontífice debía estudiar y aprobar. Ante él y la Curia romana predicó Antonio, siendo escuchado con entusiasmo; el Papa lo llamó "Arca del Testamento". Es posible que colaborase en la redacción de la bula “Quo elongati”, en la que el Papa da respuesta a los problemas que le había planteado orden.
Después marchó al que sería su último destino, Padua, en la que se entregó con tal ardor al apostolado y su actividad fue tan intensa, que en lo sucesivo su nombre quedaría asociado el de la ciudad: Antonio de Padua. Se instaló primero en la capilla del pueblo de la Arcella, junto al convento de clarisas, pero solía predicar en el convento franciscano de Santa María, extramuros de la ciudad.
Escribió, por petición del Cardenal Reinaldo dei Segni (futuro Alejandro IV), una serie de sermones según las fiestas del Año litúrgico y predicó hasta el agotamiento la Cuaresma de 1231; a sus sermones diarios asistió gran parte de la ciudad y consiguió del Consejo Mayor de la ciudad la liberación de los deudores presos por no tener medios con qué pagar sus deudas (origen del "Estatuto de San Antonio").
Poco después, en el mes de Mayo, el Podestá Esteban Badoer le rogó que solicitase al poderoso Ezzelino IV da Romano la liberación de varios nobles paduanos que tenía prisioneros, entre los que se encontraba el Conde de San Bonifacio, como consecuencia de guerras entre güelfos y gibelinos; con este motivo, viajó a Verona y se entrevistó con Ezzelino, aparentemente sin éxito, pero unos meses después de la muerte de Antonio, Ezzelino liberó a los prisioneros.
Su salud empeoró con este viaje, y se retiró al cercano lugar de Camposampiero, no lejos de Padua, en el eremitorio construido para los frailes por el Conde Tiso, para descansar y terminar de escribir los Sermones. Para trabajar Antonio se trasladaba a una celda que había construido en las ramas de un nogal. La gente tuvo conocimiento del lugar en que estaba y acudió en masa a oírle y pedirle consejo. En la actualidad en Camposampiero existe el Monasterio de la Noce (nogal) de clarisas, con una pequeña capilla que recuerda la actividad de San Antonio en la celda del nogal, y una casa de espiritualidad de los franciscanos
El viernes 13 de Junio Antonio sufrió un colapso y, ante su próximo fin, pidió que le trasladasen al eremitorio de Santa María en Padua. Así se hizo, aunque, al verle tan delicado de salud y para evitar las multitudes, se detuvieron en Arcella, donde murió esa misma tarde, tras recibir la extremaunción y recitar los salmos penitenciales. No tenía aún cuarenta años, y su vida de apostolado e intensa predicación había durado poco más de diez años.
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